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水晶體在眼球中有兩種主要的功能,一是屈光(refraction),因其清澈透明且具有15-20屈光度的屈折力,能使光線透過並且聚焦於視網膜上。另一功能是調視作用(Accommodation),眼睛看遠看近時的調節,就是靠水晶體的厚度改變,導致屈折力的改變,使眼睛在看遠及看近時能夠同樣清晰。

另外,水晶體對紫外線(尤其是紫外線A,波長300nm-400nm)的吸收力很強,可以防止紫外線照射到視網膜,導致視網膜的傷害。

水晶體本身有複雜的新陳代謝過程可以維持其透明性,它通過囊膜吸收房水中的營養物質並排出水晶體內代謝的產物,如果房水的成份或水晶體囊膜滲透性發生改變或有某種因素影響它的代謝過程就會引起水晶體混濁,形成白內障。